Ibadah wajib dan sunnah menjadi praktik atau pengamalan sehari-hari para santri. Menumbuhkan kesadaran dalam pelaksanaan ibadah keseharian menjadi fokus bimbingan dan pendidikan. Selain pengawasan terhadap ibadah wajib, santri juga dimotivasi untuk mengupayakan pelaksanaan ibadah sunnah, di antaranya: shalat tahajud, shalat dhuha, salat sunnah rawatib, dan shaum (Senin dan Kamis atau shaum Daud).
Mushola Daarun Ni’aam, adalah mushola pondok tempat kegiatan ibadah dan belajar tahfidz al-Quran para santri. Meski sehari-hari membaca dan mempelajari al-Quran dalam pembelajaran tahfidz al-Quran, namun secara rutin bulanan juga diagendakan tilawah bersama untuk meningkatkan kedekatan kepada al-Quran dan meraih pahala dengan membacanya.